شكّل السيّد فضل الله(ره) مرجعيّةً قضائيّةً طوال فترة تصدّيه لشؤون النّاس ومشاكلهم، وخلال أكثر من أربعين عاماً، كان يرجع إليه المتنازعون في مختلف المجالات، وخصوصاً في المشاكل المتعلّقة بالأحوال الشخصيَّة، لكي يحلّ المشاكل العالقة في نطاق الحكم الشّرعي. وقد كان تصدّي السيّد(ره) للقضاء مباشراً حتّى أوائل الثّمانينيات.
ولكن نظراً إلى المشاغل المتزايدة على عاتق السيّد(ره)، أسّس مكتباً للقضاء، انتدب له علماء دين من ذوي الكفاءة العلميّة والخبرة العمليّة في إدارة الخلافات وفي تطبيقات الحكم الشرعي، حيث يعمل هؤلاء على حلّ المشاكل ضمن الموازين الشرعيّة للقضاء.