الحوزات العلميّة:
شكّل إعداد العالِم الديني جزءاً أساسيّاً من حركة السيّد(ره)، باعتباره يمثّل عنصراً أساسيّاً من العناصر المؤثّرة في حياة المجتمع، سواء في ما يتّصل بتعليم الناس أحكام دينها، أو بتعزيز التفاعل الحضاري في المجتمع، عبر ما يمثّله العالِم الديني من بُعدٍ قياديّ وعمق فكريّ وعلميّ في المجال الذي يعمل فيه. ولذلك، كان اهتمام السيّد المرجع(ره) ينصبّ على إيجاد القاعدة المؤسّسيّة لتنظيم هذا العمل التعليمي والتربوي الخاصّ والمهمّ، فكان العمل على تأسيس الحوزات العلميّة.
المعهد الشرعي الإسلامي:
أسّس السيّد(ره) فور عودته إلى لبنان في العام 1966م، المعهد الشرعي الإسلامي.
وتوجّه إلى المعهد طلاب العلم الديني من مختلف المناطق اللّبنانيّة وغيرها، ووجدوا فيه ضالّتهم؛ فمنهم من ارتوى من معينه، ومنهم من كان له أساساً ومنطلقاً إلى إكمال الدّراسة في الحاضرتين العلميّتين الأبرز (النجف وقم).
وكان للمعهد الشرعي الإسلامي الفضل على كثير من أهل العلم وطلابه خلال مسيرته وتاريخه؛ فقد تخرّج منه كثير من المرموقين والمتميّزين علماً وعملاً، وكان لكثيرٍ منهم الأثر الطيّب في لبنان وخارجه، بنشر الوعي والرؤية المشرقة للإسلام.
و"المعهد الشرعي الإسلامي" يُعدّ أعرق معهدٍ إسلاميّ في مجاله التعليمي بين المعاهد والحوزات التي تأسّست في لبنان في القرن السابق.
وقد اتّبع المعهد المنهج الدّراسيّ المعهود في الحواضر العلميّة الكُبرى، سواء على مستوى الأسلوب أو المقرّرات، ولكنّه لم يكتفِ بذلك، بل حرص السيّد فضل الله(ره) خلال تولّيه التدريس والإشراف المباشر، على توسيع آفاق الطالب العلميّة عبر العديد من المقرّرات الجديدة.
واليوم، يعمل المعهد على تعزيز اضطلاع الطّالب بجملةٍ من العلوم التي تمتّن حضوره العلمي، في نفسه ونتاجه، وفي احتكاكه بتطوّرات العصر وما يُطرح فيه.
معهد السيّدة خديجة الكُبرى للعلوم الإسلاميّة:
وهو معهد متخصّص يؤمّن التعليم الديني للأخوات الراغبات في الانخراط في هذا المجال.
مدرسة الإمام الحسين(ع) للثقافة الدينية:
هذه المدرسة تأسّست تلبيةً لرغبة الكثير من الإخوة والأخوات في دراسة العلوم الإسلاميّة، والّذين لا تسمح ظروفهم بالانتساب إلى المعاهد والحوزات.
وتؤمّن هذه المدرسة العلوم والمعارف الإسلاميّة بأسلوبٍ سهلٍ ومختصر ومتدرّج، ويأخذ طابع الدّورات الثقافيّة بشكل خاصّ.
المدرسة الدينية في مدينة صور (جنوب لبنان):
تأسّست على يد العلاّمة الفقيه الشيخ موسى عزّ الدين(ره) وثلّة من العلماء الفضلاء في العام 1962م، وقد أصبحت تحت مسؤوليّة سماحة المرجع السيّد محمد حسين فضل الله(ره) ورعايه منذ العام 1983م، بناءً على ما أوصى به المرحوم العلامة السيّد هاشم معروف الحسني(ره) الذي جعل التولية له(ره).
وقد نقل التولية إلى ثلّة من أهل العلم قبل وفاته، الذين أوكلوا أمر إدارة شؤونها إلى دائرة شؤون الحوزات في مؤسّسة المرجع الراحل(ره).
والمدرسة الدّينيّة في صور هي من أقدم الحوزات التي تأسّست في جبل عامل في القرن الماضي، وقد تخرّج منها مئات العلماء، وبلغت شهرتها خارج لبنان، فقصدها طلاب العلوم الدّينيّة، وخصوصاً من بلدان أفريقيا.
حوزة المرتضى:
أسِّسَتْ في جوار مقام السيّدة زينب(ع) في الشام في سوريا، وقد كانت تعمل بإشرافٍ مباشرٍ من سماحة السيّد(ره)، ويقوم على إدارتها ثلّة من العلماء الأفاضل، وتخرّج منها علماء ذوو كفاءة علميّة مميّزة.